До 1900 року Церква адвентистів сьомого дня налічувала 1 500 служителів і 75 767 членів. Управління нею здійснювалося абсолютно інакше, ніж у 1863 році, коли вона була організована. Штаб–квартира, а також видавництво, коледж і санаторій залишилися в Батл–Крику, штат Мічиган. Часто люди, які приймали рішення у Батл–Крику, мали мало інформації про стан справ у тих місцях, на які їх рішення впливали.
Спілкування було дуже повільним і важким. Вся влада була зосереджена в руках президента Генеральної конференції. Ускладнював управління церковними справами ще той факт, що закордонні місіонери висилались трьома різними структурами: Радою закордонної місії, Генеральною конференцією та медико–місіонерською та благодійною асоціацією.
До 1901 року вже робилися певні кроки щодо впорядкування діяльності Церкви. З 1882 року Церква в Європі прийняла заходи для того, щоб дати простір місцевої ініціативи. На сесії Генеральної конференції 1888 року було запропоновано розділити Північну Америку на кілька частин, як це було зроблено в Європі. У 1894 році конференції Австралії і Нової Зеландії об’єдналися в Австроазіатську уніонну конференцію.
Еллен Уайт все рішучіше закликала до децентралізації влади: «Повинні створюватися нові конференції… Господь, Бог Ізраїлів зв’яже нас всіх воєдино. Організація нових конференцій повинна не розділяти нас, а пов’язувати воєдино» (Бюлетень Генеральної конференції, 1901 р., с. 69). У той же самий час вона запропонувала ґрунтовну реорганізацію, з тим щоб всі аспекти роботи перебували під контролем Ради Генеральної конференції.
На нараді 1901 року було вирішено внести шість основних змін: (1) організувати уніонні конференції; (2) передати права власності і управління всіма установами тим церковним організаціям, на території яких вони розташовані; (3) створити в Генеральній конференції відділи, такі як відділ суботньої школи, відділ освіти, видавничий відділ; (4) укріпити комітети шляхом введення в них представників різних областей; (5) покласти відповідальність за подробиці церковної роботи на місцевих керівників; (6) сформувати представницьку Раду Генеральної конференції.
Після реорганізації 1901 року Рада Генеральної конференції складався з 25 осіб. Зокрема, до неї увійшли шість президентів уніонів з Північної Америки, один президент з Європи та один з Австралії. Крім того, членами стали голови відділів, яких згодом стали називати секретарями, а зовсім недавно — директорами. Цей орган, який представляв Церкву у всьому світі, був наділений великими повноваженнями. Голова цієї ради повинен був щорічно обиратися з числа адміністраторів.
Артур Р. Даниэльс став першим головою; він залишався президентом до 1922 року. Але Даниэльс заслуговує згадки не тільки за настільки тривале перебування на відповідальній посаді. У 1902 році він керував перенесенням штаб–квартири Церкви з Батл–Крику Вашингтон. Він здійснив реорганізацію, розпочату в 1901 році, і багато подорожував, будучи переконаний в тому, що для успішного керівництва йому необхідно отримувати інформацію з перших рук з місіонерських полів. При президентстві Даніельсона різко зросла кількість зарубіжних місіонерів. Крім того, він керував створенням пасторської асоціації і випуском журналу «Міністрі». Серед його творів особливо виділяються дві книги: «Христос — наша Праведність» і «Дар пророцтва, що перебуває». Вони присвячені роботи і особистості Еллен Уайт.
Наступним кроком у розвитку організації Церкви адвентистів сьомого дня створення «дивізіонів». Спочатку робота в різних частинах світового поля здійснювалася під керівництвом віце–президента Генеральної конференції. У 1913 році було затверджено структуру та статут Європейської дивізійної конференції. Слідом за цим з’явилися й інші дивізіони. У 1922 році виникла нинішня структура дивізіонів як відділень Виконавчого комітету Генеральної конференції